11 декабря 1848 года император Николай I утвердил положение Военного Совета об учреждении в Черноморском казачьем войске женской монашеской пустыни во имя святой Марии Магдалины. Официальное открытие монастыря состоялось 21 сентября 1849 года, сообщает ИА KrasnodarMedia.
Название пустынь (монастырь) получила в честь супруги наследника престола Марии и в честь святой Марии Магдалины. Через 150 лет после открытия — к началу XX века некогда маленький монастырь превратился в крупный комплекс из 14 корпусов, в которых проживало около 600 человек. Площадь земель монастыря составляла 840 десятин, на которых располагался свой кирпичный завод, ветряная мельница, женский исправительный приют, церковно-приходское училище.
После 1920 года имущество монастыря было конфисковано и передано местной коммуне.
В августе 1995 года женский монастырь было решено возродить. В настоящее время пустынь располагается в станице Роговской в семи километрах от месторасположения прежней обители.